Esta palabra tiene su origen en el aburrimiento.
Cuando las misas se oficiaban en latín la gente esperaba ansiosamente la bendición del padre para irse lo más rápido posible de la iglesia. La expresión de ‘en un santiamén’ se refiere a la última parte de la oración In nomine Patris, et Filli, et Spiritus Sancti. Amén.
Fuente: https://www.intermundial.es/blog/los-curiosos-origenes-de-21-palabras-del-espanol/