Interjección para expresar un desacuerdo con alguien o cuando le queremos perder de vista.
Carajo se le llamaba al lugar situado en lo alto del palo mayor de las antiguas carabelas españolas. Servía como puesto de observación desde el que los vigías oteaban el horizonte en busca de naves enemigas o lugares a donde querían llegar. Cuando un marinero cometía una falta se le mandaba al carajo en señal de castigo, estando obligado a permanecer allí como vigía. Tras apenas un par de horas bajaba totalmente mareado. Un duro castigo que servía para dar escarmiento a quienes cometían alguna infracción a bordo.
Fuente: https://eltrasterodepalacio.wordpress.com/2014/03/14/los-dichos-populares-su-origen-y-significado-y-ii/