Se dice que alguien no es trigo limpio cuando simula algo que no es, cuando es alguien falso, alguien malo que va de bueno, alguien de quien no te puedes fiar porque no es realmente sincero.
Los ingleses a alguien que no es trigo limpio le dicen que es untrustworthy que es algo así como alguien en quien no puedes confiar.
Esta expresión, como muchas otras de la lengua española, proviene (como habréis podido imaginar) del campo, del mundo de la agricultura. El precio del trigo depende de la humedad y limpieza de éste: si está húmedo y lleno de cáscaras no es un trigo que se pueda usar directamente, sino que hay que limpiarlo, con lo cual su precio de venta es menor. Sin embargo, si nos intentan vender trigo «sucio» diciéndonos que es trigo limpio, nos estarán intentando engañar. De ahí que de una situación tan habitual como la compra de trigo provenga una expresión tan española como la de hoy.
Como anécdota puedo añadir que ha surgido una variación que me pareció muy divertida en la película HappyFeet. El pequeño HappyFeet es un pingüino que nace en un poblado de pingüinos en el que todos ellos cantan de forma maravillosa y gracias a sus voces consiguen encontrar a su pareja ideal para formar una familia. El problema es que nuestro protagonista canta terriblemente, pero sin embargo tiene una habilidad muy extraña para un pingüino: baila de forma genial. Pero claro, para sus compañeros, era un don mal visto, era extraño, diferente, muy mal aceptado por los más ancianos del clan (que eran considerados los sabios, ya que gracias a su experiencia podían aconsejar al resto sobre el mejor camino a seguir). Bueno, que mi misión tampoco es desvelaros la película. El caso es que si veis esa película en la versión española, hay un momento en el que uno de los pingüinos viejos y «sabios» dice: este pingüino no es huevo limpio, haciendo una adaptación de la frase de hoy al mundo de los pingüinos (hay que recordar que éstos no son mamíferos, sino que son aves que nacen de un huevo). Jeje, tanto rollo para esto! En fin, no sé, a mí me hizo gracia cuando lo escuché.
Fuente: https://expresionesyrefranes.com/2008/01/21/no-ser-trigo-limpio/