Sinceramente yo pensaba que estaba relacionado a que generalmente cuando algo se oscurece termina siendo malo: el cielo se pone negro ante una tormenta, la comida al ponerse rancia, etc etc por lo que pensé que de esto venía el dicho.
Sin embargo, su origen es mucho más antiguo. Cuando se ocupaba un cargo público en la Grecia pre-edad Dorada los ciudadanos debían recurrir a un llamativo sistema de elección al azar. Metían la mano en una bolsa y sacaban de ella un pedazo pintado de madera: la mayoría de los pedazos eran negros mientras que algunos, los que representaban ser elegido, eran blancos. De aquí viene el dicho.